El FSD está formado por un Consejo de Administración y una Secretaría Técnica con las funciones y atribuciones establecidas en su estatuto.

El Consejo de Administración está integrado por un representante del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF), un representante del Banco Central de Reserva del Perú (BCRP), tres representantes de las empresas del sistema financiero y un representante de la Superintendencia de Banca,Seguros y AFP, quien lo preside. El Consejo de Administración sesiona como mínimo una vez al mes, adoptando sus acuerdos con el voto de la mayoría de los asistentes. En caso de un empate, el presidente ejercerá su derecho a tener un voto dirimente.