Los recursos del FSD están constituidos principalmente por las primas que pagan las empresas miembros del FSD. Los ingresos provenientes por las multas impuestas por la SBS y el BCR. Los depósitos, títulos valores y otros bienes que permanezcan durante diez años en una entidad del sistema financiero y no hayan registrado ningún movimiento y el rendimiento de los activos del FSD, entre los principales. También, de manera excepcional, se puede acceder a líneas de crédito del Tesoro Público aprobados mediante un Decreto de Urgencia y líneas de crédito obtenidas con garantía del Tesoro Público aprobadas por Decreto de Urgencia.

Estos recursos son invertidos según la política de inversiones determinada por el Consejo de Administración, teniendo en cuenta criterios de seguridad, liquidez, rentabilidad y diversificación. La Ley General del Sistema Financiero y del Sistema de Seguros y Orgánica de la Superintendencia (Ley General) prohíbe al FSD la constitución de depósitos o inversiones en las empresas del sistema financiero nacional así como la compra de maquinaria, equipo y mobiliario.

La principal fuente de ingresos del FSD proviene de las primas que sus miembros desembolsan dentro de los diez días útiles luego de vencido cada trimestre.

Las primas que las empresas pagan trimestralmente al FSD están determinadas por la clasificación de riesgo asignada a dichas empresas por empresas especializadas y por el monto de los depósitos cubiertos. A cada categoría de clasificación de riesgo le corresponde una tasa anual de prima que varía en un rango de 0.45% a 1.45%.

La correspondencia entre tasas y categorías de clasificación de riesgo es la siguiente:

La prima se calcula multiplicando la tasa trimestral que le corresponde a cada entidad por el promedio trimestral de los depósitos e intereses cubiertos por el FSD. El pago de la prima se realizará necesariamente en la misma moneda del depósito objeto de cobertura. En el caso de que las empresas especializadas asignen categorías distintas a las entidades, se considerará para la determinación de la tasa de la prima la categoría de mayor riesgo.

Para la verificación del pago, los miembros del FSD deben remitir simultáneamente a la SBS y al FSD, la información sobre los depósitos e inversiones cubiertos por el seguro, de acuerdo a lo expresado en la Resolución SBS No 0657-99.